Есть несколько версий по происхождению племени Аргын. По мнению Л.Н. Гумилёва аргыны ведут свое происхождение от басмылов или басмил — племенного объединение, образовавшееся от смешения различных кочевых племен с местными группами племён тохарского происхождения.
Само слово «басмыл» значит «метис». То есть, по мнению Л. Гумилёва какая-то часть аргынов могут быть потомками сяо-юэчжий (малых-юэчжей). Согласно сведениям китайского разведчика Чжань-Цзяня, сяо-юэчжий представляли собой небольшую часть юэчжийского народа, которая не смогла следовать за Да-юэчжами (большие юэчжи) в Бактрию и Среднию Азию, и осталась кочевать в степях. Н.А. Аристов отождествлял аргынов с карлуками. По его сообщению в составе аргынов есть несколько карлукских родов которые входят в состав аргынов. По мнению Ж.М. Сабитова 10-11 веках н.э. было племя Аргу, которая кочевала у современного Тараза во времена Махмуда Кашгари.
Другие исторические данные также косвенно указывают на племена Аргу как на местных жителей Южного Казахстана эпохи Караханидов (X век). По мнению известного российского востоковеда В. Бартольда слово аргун/аргу происходит от тюркского слова «аргы», то есть — «на другой стороне». Возможно аргыны/аргуны проживали в приграничных территориях (разделенных рекой или горами) с тюркскими и монгольскими племенами, в тех местностях в качестве отдельного кочевого народа иранской крови. И тюрки и монголы могли их называть — те, кто живет на другой стороне реки. Антропологический аргыны относятся к переходной между европеоидами и монголоидами рас, для которых характерна высокое и заметно уплощённое лицо, нос с выпуклой или прямой спинкой, волосы волнистые или прямые, темных и русых оттенков, большой процент смешанных оттенков глаз, характерна в той или иной степени для представителей всех народов Евразийской степи которые сложились в процессе метисации.
Генетические исследования по маркерам Y-хромосомы девяти родов аргынов показали 5 гаплогрупп. Больше половины (67%) разнообразия Y-хромосомы приходится на гаплогруппу G1-M285, выявленную во всех кланах (бес мейрам, жети момын, токал аргын) и по отцовской линии восходит к наследию народов индо-иранской языковой семьи. Гаплотипическое разнообразие G1 варьирует от максимума в популяциях Ирана (92%) до минимума в Монголии (0%). Карта гаплотипического разнообразия демонстрирует показательное снижение биологического разнообразия от Западного Ирана до восточной части Юго-Западной Азии и далее на север к Евразийским степям.
Высокое разнообразие гаплотипов в западной части Ирана делает ее наиболее вероятным кандидатом на роль прародины гаплогруппы G1.
Этот вывод соответствует Анатолийской гипотезе о формировании протоиндоевропейцев (Renfrew, 1987), и хорошо согласуется с палеоантропологическими данными об их миграции из Ирана в Центральную Азию (Ginzburg, 1956; Казарницкий, 2011; Dubova, 2014; Дубова, Куфтерин, 2015). Полученные результаты указывают на древнее участие протоиндоевропейского компонента в формировании казахской популяции. Не исключено, что могла и быть миграция из степей, уже согласно «курганной теории», группы племен могли двигаться на юг вдоль Амударьи (Иванов, 2004). Возможно, предки Аргынов вышли 3000 лет назад с территории Северного Иранского нагорья, оказались на территории Туркмений в районе Балхантау, затем оказались на территории Трансоксиа́ны в Узбекистане, а позже оказались уже на территории Южного Казахстана.
Генетики выделяют 5 ветвей гаплогруппы G1:
- Казахскую (род Аргын);
- Башкирскую (род Канглы которые считаются прямыми потомками печенегов);
- Индийскую;
- Армянскую (хемшины);
- Монгольскую.
Армянский и башкирский кластеры восходят к общему предку на дереве. Последнее расхождение башкирских канглы и армян друг от друга генетически датируется 8000 лет назад. Тогда как казахский и индийский кластеры образуют самостоятельные ветви. Монгольский образец образует свою ветвь, которая объединяется с казахским кластером, что соотвествует географическим и историческим связям между двумя популяциями.
Расхождение казахского кластера и монгольского генетически датируется 3700 лет назад, тогда как в целом возраст общей эволюционной ветви для казахов, башкир, монголов и т.д. генетически датируется 11000 лет. Поэтому предки современных степных ветвей G1 (казахская, башкирская, монгольская) вероятно существовали на территории Евразийской степи уже с раннего железного века (скифская эпоха), мигрировавших с прародины индоевропейцев (речь идет о индоиранцах). [ М.К. Жабагин/Анализ связи полиморфизма Y-хромосомы и родоплеменной структуры в Казахской популяции//Филогеография гаплогруппы G1]. Это говорит о том, что аргыны являются одними из самых древних насельников казахских и Арало-Каспийских степей, еще с времен сакской эпохи.
На уровне родов, гаплогруппа G1-M285 не является самой частой только для двух родов – таракты и тобыкты. У большинства представителей рода тобыкты наблюдается субгаплогруппа J1 -M267(xP58), которая характерна для народов Восточного Кавказа и Передней Азии, что указывает на переднеазиатские корни предков этого рода. Для рода таракты характерно большее накопление Y- хромосомной гаплогруппы R1a1a1b1a1-М458, J1-M267 (xP58) и C2-М217, а для рода тобыкты гаплогруппа Q М242 (xM120,xM143,xM378) и С2-М217.
Для генеалогической сублинии Бабасан (род атыгай из клана жети момын) специфична линия -R1a1a1b2a1a-L657. Гаплогруппа R1a1а — L657 как маркер наиболее типичен для населения северной Индии, куда в бронзовом веке мигрировали индо-арии. Генетические дистанции гаплогруппы G1 аргынов минимальны с народами Ирана — ассирийцы, ирани (персы), мазендеранцы и белуджи. Последние в свою очередь являются прямыми потомками древних парфян. С частотой 10-20 % гаплогруппа G1 также встречается у пуштунов и калашей. Появление гаплогруппы R1a1a — Z2125 у аргынов может быть связано с двумя источниками: R1a1a (Z2125) встречается у пуштунов Афганистана (40 %) и кыргызов. В некоторых популяциях Ирана и Кавказа достигает 10 %; второй маркируется R1a1- M780 и обнаруживается в Южной (Индия, Пакистан, Гималаи, Афганистан) и Западной Азии. Y-хромосомная гаплогруппа L- была определена у потомков аргынского подрода мейрам сопы. Появление гаплогруппы C2-М217 связано с влиянием нирун-монголов. Совместный анализ генетики и генеалогии аргынов доказал, что непосредственным предком племени стал золотоордынский эмир Караходжа (XIV век) либо его непосредственные предки. В целом генетическая близость аргынов к народам Иранского нагорья указывает на существование древнего генетического субстрата, который был привнесен прото-аргынам древней миграцией с Иранского нагорья ираноязычных народов или их потомков. С другой стороны обнаружилось сходство аргынов с казахами Алтайского нагорья и монголами, что показывает наличие так называемого «суперстрата», привнесённого позднейшими миграциями тюркоязычных и монголоязычных народов, что привело к тому, что ко времени формирования родоплеменной общности аргынов те уже были тюркоязычны как и генеалогический основатель клана Караходжа.
Аргыны — в официальной казахской историографии считаются тем самым кочевым племенем, который встал во главе начала образования казахского народа и государственности. В середине XV века племена аргынов и кереев будучи недовольной жёсткой политикой и не желая быть подданными правителя кочевых узбеков Абулхаир-хана, решили во главе с мятежными султанами Жанибеком и Кереем отделиться от Синей Орды, государства кочевых узбеков. Они откочевали в государство Могулистан возглавляемая на тот момент ханом Есен Буга. Основной причиной этому также послужило убийство в неравном бою аргынского Акжол-бия, кипчакским батыром Кобланды приближенным правителя кочевых узбеков Абулхаир-хана.
Аргыны потребовали от Абулхайра выдачи кыпчака Кобланды; хан отказал в их просьбе. Тогда аргыны и кереи во главе с султанами Жанибеком и Кереем оставили ставку Абулхайра и ушли в Могулистан. Правивший в это время в Жетысу хан Могулистана Есен-Буга (1434-1462 гг.) благосклонно принял султанов Керея и Жаныбека и выделил земли для их поселения на берегах реки Чу. У хана Есен-Буги были свои планы: он хотел создать прочный союз с Кереям и Жаныбеком в целях борьбы с притязаниями на власть в ханстве своего брата Йунуса, которого поддерживали Абулхаир и династия Тимуридов. От них исходила угроза для западных границ Могулистана. Поселившись в Западном Жетысу, султаны Керей и Жаныбек создали здесь в 1465- 1466 годах Казахское ханство со ставкой в Козыбасы. Хан Есен-Буга хотел также использовать силы казачьей орды для отпора ойратам, которые в начале XV века не раз нападали на Жетысу и другие районы Могулистана.
Откочевавшие во владения хана Есен-Буги, из Дешт-и-Кыпчакской степи, с одной стороны, и из Узбекского улуса хана Абулхаира в 50-70-х годах XV века, около 200 тысяч человек казахские племена собрались на единой территории под властью Керея и Жаныбека. В 1462 году умер хан Могулистана Есен-Буга. После этого в ханстве возобновились племенные междоусобицы и распри, что привело к ослаблению государства. Не было единства и между теми, кто боролся за ханскую власть.
Воспользовавшись таким положением, ойратские племена быстро завоевали Могулистанские ханство. В связи с этим Могулистанские племена стали перекочевывать в молодое Казахское ханство. В последствий эти племена образуют Старший жуз. В результате значительно увеличилось население и укрепилось само Казахское ханство. Однако экономическое положение созданного в середине XV века Казахского ханства было еще непрочным.
Многие будущие казахские племена все еще входили в состав других ханств. На племена, жившие в Жетысу, часто совершал набеги хан Абулхаир. Он всячески стремился разгромить созданное Казахское ханство. Несмотря на это, не прекращалась массовая перекочевка будущих казахских племен из Могулистана, Ногайской Орды и Сибирского ханства, пожелавших войти в состав Казахского ханства. В конечном счете это привело к укреплению Казахского ханства и расширению его территории. К концу XV века Казахское ханство относительно сильно укрепилось экономически, более быстрыми темпами стало развиваться его хозяйство, что привлекло к нему другие разрозненные кочевые племена.
Ханы Керей и Жаныбек ясно понимали неизбежность открытых столкновений с соседними государствами, проводящими враждебную политику по отношению к Казахскому ханству. Это было время решения исторической судьбы казахского народа. Осуществление этой задачи выпало на плечи казахских ханов Керея и Жаныбека. Средневековый историк Мухаммед Хайдар Дулати в своей книге «Тарих-и-Рашиди» писал: «В то время в Дешт-и-Кыпчаке владычествовал хан Абу-л-Хайр-хан. Он причинял много беспокойства султанам джучидского происхождения. Жаныбек-хан и Ки- рай-хан бежали от него в Могулистан. Исан-Буга-хан охотно принял их и предоставил им округа Чу и Козы-Баши, которые составляют западную окраину Могулистана… В то время как они благоденствовали там, Узбекский улус после смерти Абу-л-Хайр-хана пришел в расстройство: (в нем) начались большие неурядицы. Большая часть (его подданных) откочевала к Кирай-хану и Жаныбек-хану, так что число (собравшихся) около них достигло двухсот тысяч человек». На основании сообщения этого средневекового историка, временем образования Казахского ханства считают 870 год хиджры (1465-1466 гг.).
Исторически казахами, по исконному праву могут именовать себя только Аргыны и Кереи, которые как первые вольные племена новой Казачьей орды откочевали на территорию Могулистана во главе с мятежными султанами чингизидами Жанибеком и Кереем. Другие степные племена и родовые объединения, составившие в будущем современную казахскую нацию, к образованию Казахского ханства в те времена по просту не были причастны. У истоков образования Казахского ханства как уже сказано выше стояли Аргыны, которые как оказалось, генетический восходят к индоиранским народам.
